Juicer
本文主要介绍了Juicer程序，它是一款用于处理HiC数据的工具，能够进行Loop-Resolution分析。
Juicer具有一键式分析功能，能够自动注释Loops和Domains，处理terabase规模的Hi-C数据集。
Juicer是一款开源程序，兼容多个集群操作系统和Amazon Web Services。
安装Juicer需要在Windows、Linux和Mac OSX上安装有效的Java（版本 >= 1.8）、GNU CoreUtils和Burrows-Wheeler Aligner (BWA)。
在Ubuntu系统上安装Juicer时，需要创建Juice目录、参考基因组相关文件目录、样本的序列文件和分析结果目录以及参考基因组酶切图谱目录。
安装Juicer时需要注意，建议下载Releases中的1.6版本，而不是使用git clone方式获取最新版本，因为开发中的版本可能存在错误。
安装Juicer时需要安装bwa，可以通过conda创建环境并安装bwa。
运行Juicer生成merged_nodups.txt文件，用于3D-DNA进行染色体挂载。
Juicer运行完成后会生成splits和aligned两个目录。splits目录存放中间结果，而aligned目录存放最终结果，包含可以导入juicebox的后缀为hic的图谱文件。
"merged_nodups.txt"是下一步3D-DNA的输入文件之一。
参考资料：
[1]Juicer: https://www.cell.com/cell-systems/fulltext/S2405-4712(16)30219-8
[2]sysreq: https://java.com/en/download/help/sysreq.xml
[3]Java: https://www.java.com/download
[4]coreutils: https://www.gnu.org/software/coreutils/manual/
[5]BWA: http://bio-bwa.sourceforge.net/
